在亚马逊热带雨林的深处，探险家亚历克斯（迈克尔·弗斯本 Michael Fassbender 饰）和艾丽斯（艾米莉·布朗特 Emily Blunt 饰）发现了一种濒临灭绝的奇特生物：魔幻彩羽鹦鹉。他们立即利用科技手段向全世界宣告这一重大发现，震惊了全球。同时，年轻的动物保护主义者莉莉（达科塔·范宁 Dakota Fanning 饰）看到了这个消息后，决定加入他们的冒险队伍，将带着三只聪明可爱、已经习惯现代文明的鹦鹉宝宝们回到它们生活了几百年的神秘家园。他们的决定受到了一位神秘组织的阻挠，这个组织致力于非法捕猎鲜活的动物。与此同时，泰国城市的街头艺人兄弟悄悄发现了亚历克斯和艾丽斯的计划，并决定趁机对他们进行绑架。这对兄弟已经多年对亚历克斯怀恨在心，因为亚历克斯曾经偷走了他们的宝藏。